Jestliže minulé kapitoly čerpaly z pověstí a přinášely ucelené příběhy, toto pokračování přichází pouze s holými fakty. Začtěme se tedy do „příběhů utrpení“.
I na zákupské panství přišla tvrdá protireformace a pronásledování nekatolíků. Kraj byl v době třicetileté války plundrován vojenskými rotami, poddaným se vedlo stále hůř a počet obyvatelstva klesal. Na tom měly podíl i infekční choroby. Docházelo k lidovým povstáním.
V roce 1610 zůstaly na Českolipsku katolické jen fary v Dobranově a v Zákupech. Protestantství zde bylo povoleno. Od porážky bělohorské však byli pronásledováni všichni nekatolíci. Vůdcem protireformace byl za pomoci vrchnosti zákupský děkan Václav Teubner. Počínal si tak horlivě, že během několika let byli všichni evangeličtí faráři z okolí vyhnáni a ke katolickému ritu vráceno 14 kostelů. Za to si také vysloužil povýšení a 22. května 1630 byl jmenován kanovníkem u sv. Víta v Praze.
Brzy nato došlo ke změně zákupské vrchnosti. Roku 1632 zemřel Zbyněk Novohradský z Kolovrat, od roku 1629 královský komoří a hejtman litoměřického kraje a jeho žena Magdalena, rozená Lobkovicová, se v témže roce provdala za vévodu Jindřicha Sasko-Lauenburského, jehož rodu pak Zákupy dědictvím připadly.
I za vlády nové vrchnosti pokračovala protireformace. Že se však nekatolíci stále ještě drželi na významných místech, dokazuje i případ zákupského zámeckého hejtmana Zacha, který odolával protireformačnímu tlaku až do roku 1637, kdy teprve byl z funkce odstraněn, a o jeho dalším osudu nemáme zpráv.
V souvislosti s protireformací je třeba se zmínit o tzv. Pustých kostelech, z nichž nejznámější je útvar mezi Velenicemi a Svitavou. Jsou to jeskyně opracované lidskou rukou, o nichž se traduje, že byly skrytými modlitebnami a útulky nekatolíků, kteří se zde zdržovali na útěku do nedaleké Lužice a konali tu bohoslužby za účasti protestantských predikantů přicházejících z Lužice. Těmto jeskyním se říká také Psí nebo Kočičí kostely, což odpovídá německé zkomolenině názvu kacířské nebo husitské kostely (Katzekirche - Ketzerkirche, Hundkirche - Husskirche).
Vedle pronásledování náboženského trpělo obyvatelstvo i vojenskými nájezdy. Poprvé byly Zákupy postiženy 25. a 26. 1. 1621, kdy vojenské jednotky hraběte Solmse vtrhly do města, a protože požadovaných 6000 zlatých výpalného nebylo hned zaplaceno, vyplenily zámek, město, kostel i berkovskou hrobku. Zámecký hejtman Baltazar Wolf, učitel Jindřich Goldberg a měšťan Michael Dorn byli jako rukojmí odvezeni do Zhořelce. O jejich dalším osudu není nic známo.
Znovu utrpěly Zákupy 1. 10. 1634. Plundrovali tu Sasové generála z Arminu při ústupu z Čech ve směru od České Lípy na Jablonné v Podj. Totéž se opakovalo v roce 1639 za vpádu Švédů, kdy oddíly generálů Bannera a Torstensona vyloupily zámek a způsobily škodu obyvatelstvu.
Mnoho obyvatel Zákup a okolí v těchto bouřlivých dobách zahynulo a jejich pozemky zůstávaly ležet ladem. Tak např. v Brenné z jedenácti usedlostí čtyři přešly do rukou vrchnosti. Na těchto pozemcích pak byly zřízeny pastviny a zaveden chov ovcí a to od roku 1674 až do roku 1780. Během třicetileté války zanikla osada, jež stála na místě nynějších Lasvic (jediná připomínka o ní je z roku 1354), Výrov (obec mezi Šidlovem a Velenicemi) a dvůr Prorub (stál na území Nových Zákup, připomínán v létech 1320, 1554, 1555, 1594 a 1612 - později na jeho místě postaven barokní zámeček). Kontribuce se během třicetileté války zvedla čtyřikrát.
Kolik obyvatel Zákup během třicetileté války zahynulo a jak velké ztráty na majetku zákupští utrpěli, dnes už nelze zjistit.