15. října 1741 zemřela Anna Marie z Toskány a panství zdědila její dcera Anna Marie Karolina. Ta se roku 1718 provdala za vévodu Ferdinanda Bavorského a v době válek o rakouské dědictví jako nespolehlivá musela pobývat v cizině. Čechy opustila 27. ledna 1743 a správu velkostatku převzal hrabě Rudolf Chotek. Do Zákup se majitelka vrátila roku 1747 a šest let nato opět na cestě do Vestfálska zemřela.
V době jejího držení Zákup bylo město a okolí plundrováno 1500 pruskými jezdci generála von Rottenburga, který po porážce rakouské jízdy pod Kamenickým vrchem 7. prosince 1744 vyplenil zámek. Den na to - 8. prosince - táhlo přes Zákupy 6000 Prusů s 1200 vozy a opět zle hospodařili. Rakouskými husary a pandury majora von Simbsche byli ze Zákup vypuzeni 10. prosince 1744.
Po celou dobu pokračovaly války o rakouské dědictví. Roku 1757 po bitvě u Kolína byly Zákupy od 8. července opět postiženy nájezdem 1500 Prusů vedených generálem Winterfeldem. Ti u Veselí svedli tříhodinovou bitvu, v níž zvítězili nad rakouským vojskem. Po vítězství zůstali v Zákupech do 16. července 1757. O dva roky později byla v Zákupech po nějakou dobu umístěna armáda rakouská, a to pěší pluk Baden-Badenský, který sem byl přesunut 2. března 1759 z Mimoně, a pěší pluk Senserišský, jenž přitáhl z Brniště.